Il y a trois commandes qui vous aident à synchroniser les dossiers de base. Les commande Synchroniser vers la droite 
et Synchroniser vers la gauche 
offrent le chemin le plus rapide pour synchroniser un côté avec l'autre. La troisième commande, Synchronisation spécifique 
, vous permet de réaliser des synchronisations bidirectionnelles ou d'autres synchronisations spécialisées.
Par défaut, la commande Synchroniser vers la droite copiera les fichiers plus récents et orphelins du côté gauche vers le côté droit. Synchroniser vers la gauche copie dans l'autre direction. Pour changer la façon de travailler de ces commandes, sélectionner Options du menu Outils et sélectionnez Options de synchronisation. Par exemple, pour avoir une commande Synchroniser vers la droite qui supprime également les orphelins de droite, vous pouvez changer la valeur de Si le fichier est uniquement à droite par Supprimer à droite.
Modifier uniquement les fichiers visibles est cochée par défaut, et limite la synchronisation aux dossiers ouverts qui passent le filtre d'affichage. Par exemple, si le filtre d'affichage est Uniquement les plus récents du côté gauche, les orphelins ne seront pas visibles et donc ne seront pas copiés. Si vous décochez Modifier uniquement les fichiers visibles, alors tous les fichiers qui passent les filtres de fichiers seront synchronisés, en y incluant ceux qui sont dans les sous-dossiers.
Créer les dossiers vides spécifie quand il faut copier les dossiers qui n'ont pas de contenu, soit parce qu'ils sont réellement vides, soit parce que leur contenu est filtré.
Si Uniquement la sélection est cochée, alors uniquement les fichiers et dossiers sélectionnés seront synchronisés. Au contraire des autres opérations de fichiers, les commandes de synchronisation traitent toujours les sélections comme deux côtés.
Sélectionnez le Type de synchronisation à partir du contrôle de liste déroulante.